In der Aue, also der flussparallel laufenden Niederung, haben sich den Wasserstandsschwankungen angepasste Pflanzengesellschaften gebildet. In den tiefer liegenden Bereichen der Flusstäler, die oft monatelang überschwemmt worden sind, lag ursprünglich die fruchtbare Weichholzaue, mit raschwüchsigen, widerstandsfähigen Gehölzen, wie Weiden oder auch Pappeln, die nach Verletzung schnell wieder austreiben und auch mit langer Überstauung problemlos zurecht kommen. In den seltener überschwemmten Bereichen wuchsen Hartholzauewälder aus Stieleichen, Eschen oder Ulmen und Feldahorn, Wildbirne oder Holzapfel. Die Strauchschicht baute sich aus nähstoffbedürftigen Sträuchern, wie Weißdorn, Holunder oder Schlehe, auf.

Derartige unbeeinflusste, natürliche Auenwälder gibt es am Unteren Niederrhein nur noch selten. Bereits im Mittelalter waren diese Wälder nahezu vollständig gerodet und in fruchtbares Grünland umgewandelt worden. Die durch Deiche stark verminderten natürlichen Überschwemmungen und die Beweidung der Ufer ließen keine Regeneration der Aue zu. Heute kann man stellenweise von einer allmählichen Wiederbelebung, zumindest der Weichholzaue, sprechen. So siedeln sich zunehmend entlang der nicht mehr grünlandwirtschaftlich genutzten Ufersäume von Altarmen oder einigen Rhein- und auch Niersuferabschnitten wieder verstärkt Weidengehölzsäume an. In den etwas höher gelegenen Randzonen fassen immer häufiger auch Baumweiden Fuß, so dass wieder kleine, fragmentartige Silberweiden-Auenwälder aufwachsen können. Auf Böden mit lang anhaltender Staunässe oder an den Uferböschungen, wo die Strömung keine Bäume hochkommen lässt, werden natürlicherweise weiterhin strauchförmige Mandel- und Korbweiden einen gebüschartigen Bewuchs bilden, der meist in Kiesbänke oder Schlammfluren übergeht.

Besonders zu nennen ist das Emmericher Ward, das Gebiet um den Altrhein bei Bienen, das sich mit ehemaligen Hochwasserrinnen als besonders naturnaher und artenreicher Altgewässerkomplex auszeichnet, das naturnah ausgeprägte Rheinufer bei Lohrwardt oder die Wachtendonker Niersaue. Hartholzauenwälder sind am gesamten Niederrhein verschwunden, da die entsprechenden Standorte als ertragreiches Grünland genutzt werden oder nach den Eindeichungen in Ackerland umgewandelt worden sind. Es sind allenfalls Relikte übriggeblieben, wie Weißdornsträucher, die durch den Viehbefraß zu markanten `Kuhbüschen` geformt worden sind, Hecken aus Hartholzauearten, alte Ulmen oder kopfbaumartig beschnittene Eschen, die neben den zahlreichen Obstbäumen zu den typischen Arten dieser Standorte zählen. Im Bereich von Salmorth versucht man heute einen reliefabhängig natürlich gestuften Weich- und Hartholzauenwald künstlich anzupflanzen, wobei sich an vorhandenen, intakten und vergleichbaren Auenwaldbeständen orientiert wird.
Insgesamt stellen die verschiedenen naturnahen und sehr artenreichen Auenwälder, im wesentlichen also Weichholzauenwälder, sehr bedeutende, landschaftsbildprägende und naturhistorische Elemente dar. Großflächig ausgedehnte Waldbereiche, aber genauso auch kleinere Waldreste oder Gehölzansammlungen, bestimmen vielerorts entscheidend die Vielfalt und Eigenart der Region. Sie können eine ungefähre Vorstellung vom ursprünglichen Aussehen der Flusslandschaften des Unteren Niederrheins vermitteln.